Não sou muito fã do MySql, mas tive que instalar ele em um servidor Debian e acessar de outra máquina. Apanhei um bocado.. pelo phpMyAdmin eu acessei, configurei as permissões para acesso de qualquer máquina e não tinha jeito, dava erro de conexão. Pesquisando um pouco descobri que tem uma configuração adicional a fazer.
No arquivo /etc/mysql/my.cnf procure a seguinte linha
bind-address = 127.0.0.1
agora a comente ou a apague.
reinicie o mysql
/etc/init.d/mysql restart
pronto. Agora o mysql vai aceitar conexão pela rede.
Mas tem um problema. Ele vai aceitar conexão de qualquer máquina, e como no meu caso eu preciso que só da minha rede interna (192.168.1.*) tenha acesso e não o mundo inteiro, usei o portmap, ou seja, adicione as seguintes linhas no fim do arquivo /etc/host.allow
mysqld : 192.168.1.0/255.255.255.0 : allow mysqld : ALL : deny
e reinicie o portmap
/etc/init.d/portmap restart
Pronto.